Haridussüsteem (selle kõik tasemed) on oluline sotsiaalsete sooliste erinevuste ja ebavõrdsuste taastootmise ja omandamise institutsionaalne keskkond.

Lisaks õpetajate otsestele ja varjatud suhtumistele ja hoiakutele, mis lapsi mõjutavad, on soolistatud tegurid juba haridusasutuste struktuuridesse (näiteks õppekavad- ja materjalid) tihedalt integreeritud ning seda kõike vaatamata seadustes sätestatud võrdsetele võimalustele kõigile inimestele. Sooaspektid haridussüsteemis on olulised, kuna nad avaldavad mõju õpilaste vahetutele hariduslikele ja sotsiaalsetele kogemustele ning seeläbi nende tulevasele käitumisele ja eluteele.

Kuna sooliste ebavõrdsuste (taas)tootmine saab alguse juba kõige esimestel haridusastmetel, siis oleks samme kõigile võrdseid võimalusi pakkuva hariduse poole vaja alustada juba lasteaia ja alghariduse tasemetelt, sest hilisematel kooliastmetel on väljakujunenud norme juba raskem muuta. Jäigad soopõhised ettekirjutused seavad tihti piiranguid tüdrukute ja poiste võimete ja oskuste arendamisele ja kasutamisele ning hilisematele valikutele, seega tuleks haridussüsteem alates selle baasstruktuuridest üles ehitada võimalikult soostereotüüpide vabana ning julgustada nii tüdrukuid kui poisse osalema kõikides eluvaldkondades.

Alates aastast 2008 on teema Sugu ja haridus olnud üks ENUTi prioriteetsetest tegevusvaldkondadest.